将企业本属于明显违反税法的税收筹划行为暂且放任不管，使企业对税收筹划产生错觉，为以后产生更大的税收筹划风险埋下隐患。，税收筹划目的不明确导致的风险。税收筹划是为企业价值化服务的，是一种方法与手段，而不是企业的终目的，在这一点上认识不清，也很可能会作出错误决定，如有的企业为了减少所得税而铺张浪费，大量增加不必要的费用开支；为了推迟盈利年度以便调整“两免三减”免税期的到来而忽视生产经营、造成连续亏损等，这种本末倒置的做法，对企业有害无一利，必然导致企业整体利益的损失，从而使得整体税收筹划失败。
忽视筹划成本。任何税收筹划都有成本（即机会成本），在进行税收筹划减轻税负的同时，也会有相关成本支出。如企业运用转让定价方式减轻税收负担，就需要花费一定的人力、物力、财力在低税区或国际避税地设立机构；在税收筹划前进行必要的税务咨询，甚至需要聘用专业的税务为其策划等。又如通过化整为零的方式，将一般纳税人身份转换为小规模纳税人，就会因为不能使用增值税发票而丧失一部分客户。再如重新选择折旧计提方法和存货评价方式等，也要花费相应的成本。总之，在税收筹划时要进行“成本——效益分析”，以判断在经济上是否可行和必要。否则，很有可能得不偿失。
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